Ziel der Jungsaueneingliederung ist es, den bestehenden Schweinebestand vor einer Einschleppung von Krankheitserregern zu schützen. Gleichzeitig sollen aber auch die Jungsauen vor einer Erkrankung durch die Bestandskeime bewahrt bleiben. Daher empfiehlt sich eine zweiphasige Eingliederung über mindestens sechs Wochen.
In den ersten drei Wochen sollten die Zukauftiere keinen Kontakt zu den Bestandstieren haben. In dieser Isolierphase bekommen die Jungsauen, in Absprache mit dem Hoftierarzt, die notwendigen Impfungen und eine Behandlung gegen Endo- und Ektoparasiten; diese möglichst schon bei der Einstallung in den gereinigten, desinfizierten, trockenen und aufgeheizten Stall. Je früher diese Parasitenbehandlung erfolgt, desto weniger parasitenkontaminiert ist die Umgebung der Tiere. Wieder auf dem Markt ist ein Endo- und Ektoparasiten-Kombinationsprodukt, welches zur oralen Verabreichung für Schweine zugelassen ist und mehrere Tage lang über das Futter eingesetzt werden kann (Alfamectin). Die Jungsauen sind für jede Behandlung weniger, die per Injektion durchgeführt wird, dankbar.
Erst nach dieser Isolierphase erfolgt die langsame, dosierte Gewöhnung an den neuen Bestand. Dazu kann man beispielsweise die Jungsauen für einen Tag ins Deckzentrum umstallen, dies stimuliert auch die Rausche. Oder es werden einzelne Kontakttiere in den Jungsauenstall verbracht, damit sich die Jungsauen an das Keimspektrum der Stammherde gewöhnen können. Die Kontakttiere sollten aber keine kranken Tiere oder Kümmerer sein. Die Kontaktiere sollten in einer eigenen Bucht mit Schnauzenkontakt zu den Jungsauen stehen, um Verlusten vorzubeugen.
Bei alle Anstrengungen um die Jungsaueneingliederung darf nicht vergessen werden, dass ein zugekaufter Eber ebenfalls ein bestandsfremdes Tier ist, welches auch vernünftig eingegliedert werden muss. Dies muss genauso erfolgen wie bei den Jungsauen.   Fögen